CentOS6/RHEL6 で Let's Encrypt を使うにあたっての手順を検索すると、だいたいどこでも python 2.7 が必要で、この環境を整えるにはどうするかという話になっている。SCL なんかの仕組みを使って。
大丈夫。python 2.6 でも動く。
Redhat / CentOS 6.x users need python 2.7 - Server - Let's Encrypt Community Support
Letsencrypt client re-added Python 2.6 support. However Centos 6.x at least doesn't have python-virtualenv package, so requires EPEL yum repo for it https://github.com/letsencrypt/letsencrypt/pull/1241
というわけで EPEL のリポジトリから python-virtualenv と python-pip を取得すれば良い。
EPEL のリポジトリを常に enable にしておくのは気持ち悪いな、っていう場合は、 certbot-auto を動かす前に、EPEL のリポジトリから python-virtualenv と python-pip だけをインストールしておけばいい。
yum --enablerepo=epel install python-virtualenv python-pip
これでいいんじゃねえかな。rpmfind.net で rpm さがして持ってきてもいいけど。
