コマンドラインからデバイスを無効にしたいと思いまして調べてみたら devcon.exe で操作可能であると。
Windows Driver Kit に付属しているものを使えばよろしい。
インストーラを起動して、Tools のところだけインストールすれば良い。
デバイスマネージャから目的のデバイスのハードウェアIDを事前に調べておく。
使い方は例えばこんな感じ。ThinkPad T510 の Bluetooth 2.1 なデバイスを切りたいとき。
devcon.exe disable "USB\VID_0A5C&PID_217F&REV_0360"
これでいける。